В 2003—2005 годах — администратор липецкого "Металлурга", в 2006 году — тренер команды, с 17 сентября 2006 по 16 января 2007 — главный тренер. Вновь тренер в 2009 году, с 5 ноября 2009 г. — главный тренер.
В течение семи сезонов дважды приводил команду к 4-му месту.
За время работы в клубе Машниным была сделана ставка на воспитанников ДЮСШ ФК "Металлург".
В июне 2017 года защитил диплом обладателя тренерской лицензии категории "UEFA-Pro", которая позволяет работать в ведущих лигах Европы.
Июнь 2022 г. уволен в связи с вылетом клуба из ФНЛ в ФНЛ-2.